Contexte du recrutement et définition de poste

Les proliférations toxiques de cyanobactéries d’eau douce représentent une menace écologique, économique et sanitaire croissante. Microcystis — l’un des genres les plus répandus — produit des microcystines hépatotoxiques, mais des études génomiques et métabolomiques révèlent un arsenal chimique bien plus vaste et encore peu exploré : cyanopeptolines, anabaenopeptines, cyanobactines, macrolides, polykétides, alcaloïdes, terpénoïdes, etc. Au sein d’une même efflorescence, les génotypes diffèrent fortement par leurs profils de métabolites bioactifs, et l’on ignore encore pourquoi les lignées toxigènes l’emportent parfois sur les lignées non toxigènes. Comprendre ces dynamiques est essentiel pour prédire la toxicité des blooms et réduire les risques associés

Objectifs du projet

Vous étudierez les moteurs évolutifs de la production de toxines au sein des clades de cyanobactéries qui prolifèrent en Île-de-France.

Activités principales

• Métagénomique,génomique comparative et phylogénie: assembler, annoter et exploiter les génomes environnementaux et de souches  de la Collection de cyanobactéries du MNHN.
• Métabolomique ciblée & non ciblée : coupler les données LC-HRMS et RMN aux clusters biosynthétiques dérivés des génomes ; annoter les métabolites grâce à des workflows de chimio-informatique de pointe.
• Tests phénotypiques & toxicologiques : relier la variation génotype/métabolome à la fitness écologique et à la toxicité.

Cette approche intégrée révèlera comment les pressions écologiques façonnent l’évolution de la biosynthèse des cyanotoxines.

Activités

Les activités principales à réaliser sont les suivantes :

• Métagénomique, génomique comparative et phylogénie : assembler, annoter et exploiter les génomes environnementaux et de souches de la Collection de cyanobactéries du MNHN.
• Métabolomique ciblée & non ciblée : coupler les données LC-HRMS et RMN aux clusters biosynthétiques dérivés des génomes ; annoter les métabolites grâce à des workflows de chimio-informatique de pointe.
• Tests phénotypiques & toxicologiques : relier la variation génotype/métabolome à la fitness écologique et à la toxicité.

Laboratoire d’accueil

Vous rejoindrez l’équipe CYANO au sein de MCAM, spécialiste de la biologie des cyanobactéries « du gène à la molécule ». L’unité dispose :

• D’une plateforme complète d’extraction et de purification de produits naturels (HPLC semi-préparative, chromatographie flash).
• De deux plateformes dédiées à l’analyse structurale :
  • RMN – spectromètres 400 MHz et 600 MHz (cryoprobe).
  • HR-UHPLC-MS – deux systèmes ESI-Q-TOF haute résolution.
• D’un accompagnement expert en écologie microbienne, phylogénomique et chimie analytique.

Profil recherché

• Doctorat en biologie ou équivalent

Compétences requises

• Expérience et compétence en biologie et en bioinformatique
• Connaissance de la biologie en écologie microbienne, évolution et écotoxicologie des proliférations toxinogènes
• Capacité à travailler en équipe
• Rigueur et autonomie

Information(s) complémentaire(s)

Venez rejoindre un établissement chargé d’histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d’une grande variété de métiers et d’activités, le Muséum vous propose d’intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.

Le contrat

Localisation : Jardin des plantes

Contrat : CDD de droit public renouvelable

Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels.

Les avantages

Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)

Télétravail possible jusqu’à deux jours par semaine après 4 mois d'ancienneté

Restaurant d'entreprise

Prise en charge partielle de votre mutuelle

Un comité social et une association sportive et culturelle

Accès illimité aux sites de l’établissement avec invités