Chargé d'étude référentiel taxonomique moléculaire français - avancées et perspectives du séqueçage ADN à partir de collections S (F/H)


Date limite
31-07-2024
Date de publication
27-06-2024
Contrat
Poste temporaire : Contractuel de droit public
Catégorie
A
Direction / Service
DGD RECHERCHE, EXPERTISE, VALORISATION ET ENSEIGNEMENT
Localisation
75 - Paris - Tous sites

Contexte du recrutement et définition de poste

Dans le cadre de la stratégie nationale biodiversité 2030 portée par les pouvoirs publics, qui prévoit notamment la réalisation d’un grand inventaire de la biodiversité nationale et le développement des approches moléculaires (génétique, génomique, métagénomique et ADN environnemental), le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) porte en collaboration avec l’Office Français de la Biodiversité (OFB) le projet de constitution d’un référentiel national de séquences génétiques pour l’identification de la diversité des taxons français.

 Dans la continuité d’une analyse des enjeux de l’ADN environnemental pour l’inventaire, le suivi et la surveillance de la biodiversité, le MNHN constitue une équipe transversale et interdisciplinaire dont le rôle sera de définir les conditions et les processus (organisationnels, scientifiques, informatiques, économiques) qui permettront la mise en place et l’exploitation pérenne de ce référentiel, adossé sur l’expérience acquise pour le référentiel taxonomique TAXREF. Ce projet s’appuiera sur l’analyse des pratiques et réalisations existantes au sein du MNHN et plus largement en France et au sein de la communauté internationale. Il testera les protocoles envisagés par des preuves de concepts et des tests sur les données, et proposera des scénarios d’évolution et de mise en œuvre conformes aux capacités du MNHN et aux attentes des politiques publiques.

 Cette étude nécessitera de porter une attention particulière à l’utilisation des collections du MNHN. En particulier, les choix d’organisation et de processus/protocoles peuvent diversement impacter l'exploitation des collections historiques et actuelles du MNHN à des fins de séquençage, que ce soit pour des spécimens ou des échantillons environnementaux de référence. Des moyens dédiés et des protocoles spécifiques seront nécessaires pour réaliser du séquençage sur du matériel de référence déjà en collection et/ou faire entrer en collection les "vouchers", prélèvements et spécimens de référence utilisés pour de nouveaux séquençages destinés à alimenter les bases de données moléculaires nationales et internationales. Aujourd'hui, l'activité de séquençage en lien avec les collections n'est pas organisée de manière systématique ni mutualisée au sein de l’établissement. Au sein de l’équipe, le chargé de projet aura ainsi pour mission d’analyser plus spécifiquement les aspects liés aux collections, à la fois par une analyse des pratiques existantes et par la proposition de préconisations pour l’utilisation et la valorisation des collections du MNHN dans la mise en œuvre globale du référentiel taxonomique moléculaire français. 

Au sein de la Direction générale déléguée à la Recherche, à l’Enseignement à la Valorisation et à l’Expertise (DGD-REVE) le/la titulaire du poste est placé(e) sous l’autorité de la directrice de l’expertise, sous la responsabilité hiérarchique du chef de projet « Référentiel taxonomique moléculaire français » et la responsabilité scientifique du coordinateur scientifique du projet. Il/elle contribue à la réalisation des objectifs du projet en étroite collaboration avec les agents de cette équipe, en veillant tout particulièrement aux aspects de l’étude impliquant une interface avec les collections et la Direction générale déléguée aux collections (DGD-C).

MISSIONS PRINCIPALES

Dresser un état des lieux et des pratiques (forces et faiblesses) des activités de séquençage à partir des collections du MNHN, en distinguant :

  • ce qui concerne les prélèvements et analyses ADN à partir de collections déjà enregistrées ;
  • ce qui concerne les prélèvements et analyses ADN réalisés à partir de matériel récemment collecté dans le cadre de campagnes de terrain.

Il s'agira de recenser notamment :

  • les collections les plus sollicitées,
  • les techniques et opérateurs (internes ou externes) mobilisés,
  • les pratiques relatives à la gestion et la conservation des spécimens références et des prélèvements réalisés pour séquençage sur ces spécimens,
  • les pratiques relatives à la gestion et au dépôt (dans Genbank BOLD...) des données de séquençage et les liens établis entre données de séquençage et données taxonomiques et de collection.

L'objectif global ce cette étude est d’identifier les atouts et contraintes existants pour développer et optimiser la gestion conjointe des données moléculaires et taxonomiques en lien avec les collections du MNHN aux fins de réalisation du référentiel.

Contribuer à la définition de préconisations et de scénarios d’évolution et de mise en œuvre, incluant une estimation des moyens à déployer. Ces préconisations devront notamment prendre en compte les contraintes liées :

  • à l’encadrement réglementaire (autorisations, commissions...) des collectes et des prélèvements,
  • aux bonnes pratiques de conservation et de prélèvements aux fins de séquençage,
  • à la gestion, à la pérennisation, à l’accessibilité et à l’interopérabilité des données,
  • aux pratiques de détermination taxonomique adossées à la gestion des collections (personnels techniques et scientifiques) qui pourraient être valorisées aux fins d'alimentation du futur référentiel.

Participer à l’ensemble des tâches de l’équipe projet selon les orientations qui seront fixées et coordonnées par le/la chef.fe de projet et le comité de pilotage qui supervise le projet.

Profil recherché

  • Formation bac+5, Master 2
  • Expérience de la conduite de projets similaires,
  • Bonne connaissance des sciences naturelles, de la taxonomie,
  • Connaissance de l’environnement scientifique et universitaire,
  • Capacité à coopérer avec un ensemble de structures et à coordonner des activités et projets transverses,
  • Disponibilité, autonomie, esprit d’initiative,
  • Rigueur dans le respect des délais et des consignes, capacité à rendre compte,
  • Excellentes qualités rédactionnelles et relationnelles, communication orale et écrite et capacités de synthèse

Information(s) complémentaire(s)

Venez rejoindre un établissement chargé d’histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d’une grande variété de métiers et d’activités, le Muséum vous propose d’intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.

Le contrat

Localisation : Jardin des plantes

Contrat : CDD de droit public renouvelable

Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels.

 

Les avantages

Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)

Télétravail possible jusqu’à deux jours par semaine après 4 mois d'ancienneté

Restaurant d'entreprise 

Prise en charge partielle de votre mutuelle

Un comité social et une association sportive et culturelle

Accès illimité aux sites de l’établissement avec invités